MultiGeneBlast

Beskrivning

MultiGeneBlast är ett verktyg med öppen källkod baserat på en omformatering av FASTA-huvudena för NCBI GenBank-proteinposter, med hjälp av vilka det kan spåra deras källnukleotid och koordinater. MultiGeneBlast kan hjälpa till att upptäcka sådana multigendelar för syntetiska biologiprojekt. Ett syntetiskt bibliotek av operoner kan skapas baserat på dess utdata för att identifiera de operoner vars funktion ligger närmast den som användaren önskar. Det här verktyget ger möjligheter att identifiera alla homologa genomiska regioner genom att kombinera resultaten av enkla BlastP-körningar på varje gen och sortera genomiska regioner från alla GenBank-poster efter antalet träffar, syntenykonservering och kumulativ Blast-bitpoäng. Arkitektursökningar kan utföras för att hitta alla genomiska regioner med Blast-träffar till valfri användarspecificerad kombination av aminosyrasekvenser.