GATE

Beskrivning

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) är en integrerad datorbaserad mjukvaruplattform för analys och visualisering av högdimensionella biomolekylära tidsserier. GATE använder en korrelationsbaserad klustringsalgoritm för att arrangera molekylära tidsserier på en tvådimensionell hexagonal array och färgar dynamiskt individuella hexagoner enligt uttrycksnivån för den molekylära komponent som de är tilldelade till, för att skapa animerade filmer av molekylär systemnivå regulatorisk dynamik. För att härleda potentiella regulatoriska kontrollmekanismer från korrelationsmönster tillåter GATE också interaktiv utfrågning av filmer mot en mängd olika tidigare kunskapsuppsättningar. GATE-filmer kan pausas och är interaktiva, vilket gör att användare kan rekonstruera nätverk och utföra funktionella berikningsanalyser. Filmer skapade med GATE kan sparas i Flash-format och infogas direkt i PDF-manuskriptfiler som interaktiva figurer.