FlexS

Beskrivning

FlexS förutsäger konformationen och orienteringen av en av liganderna i förhållande till den andra. I FlexS antas referensliganden vara stel, så den bör ges i en konformation som liknar det bundna tillståndet. Superpositionsalgoritmen i FlexS kräver bara lite manuellt ingrepp. Du kan integrera denna kunskap i beräkningarna med FlexS genom att utföra enstaka steg manuellt. Således är FlexS designad för interaktivt arbete på ligandpar såväl som för ligandbaserad virtuell screening. De två huvudsakliga tillämpningarna av FlexS är superpositionering av ligand (t.ex. för CoMFA/QSAR) och virtuell screening. Om du har ett protein och en liten molekyl som binder till det (så kallad referensligand) men ingen struktur hos proteinet, kan du ta referensstrukturen som ett negativt fingeravtryck av det aktiva stället. FlexS bestämmer likheten mellan testet och referensstrukturen genom att anpassa dem. I virtuell screening har du en referensligand och en uppsättning föreningar och du är intresserad av att prioritera föreningarna för experimentell testning.